ビオトープは、都市空間に植物と水を配置し生物たちを自然に呼び戻そうとする運動。本校も開校すぐにビオトープ構想をたてた。その時のプロジェクトでは、豊島区と本校の生徒と地域住民の方々それに知識人も交え行われた。そしてついに新校舎を建設する際に校舎の北側にその夢が叶えられた。
本校のビオトープは、地下６０ｍからくみ上げた水を使った川と池がメイン。その周りに高木樹（広葉樹）を植えている。川の源泉はちょうど学校の４階部分のランチルームとつながっている少々高台になった所。
その上の部分に畑と果樹園、それに水田も備えているので、本校では、学校ビオトープと呼ぶことにした。